Im Dünndarm, der etwa eineinhalb Meter lang ist, wird die Nahrung vorwiegend enzymatisch verdaut. Der Blinddarm ist groß und beherbergt unzählige Mikroorganismen, die die Nahrung durch Vergärung aufschließen. Im Grimmdarm wird dem Verdauungsbrei Wasser entzogen – es entstehen die typischen Köttel, die der Enddarm ausscheidet. (siehe Blinddarmkot)
Die spezielle Darmflora im Blinddarm der Meerschweinchen ist in der Lage Zellulose aufzuspalten, wodurch freie Fettsäuren entstehen, die resorbiert werden können und dem Meerschweinchen als Energie zur Verfügung stehen.
Damit diese Darmflora funktioniert, muss der pH-Wert deutlich basisch sein (pH: 8-9). Bei Fütterung von rohfaserreicher Nahrung ist dies gewährleistet. Füttert man hingegen zucker- und stärkehaltiges Futter kann der pH auf 5-6 absinken. Die Folge ist ein Absterben der physiologischen Darmflora und ein Überhandnehmen von unerwünschten Keimen wie z.B. E.coli.
In den meisten Fällen ist eine unphysiologische Darmflora eine Folge von Fehlernährung.
Merlin von Iris M., Bild des Monats-Gewinnner April 2009
Die Darmflora kann auch durch Einnahme von Antibiotika in ihrem Milieu verschoben werden.
Um hier von vornherein eine möglichst gesunde Darmflora zu erhalten, ist es zu empfehlen in einem Abstand von mindestens zwei Stunden zur oralen Antibiotikagabe etwas Joghurt oder Probiotika wie Omniflora oder Bird Bene Bac zu geben. Viele Meerschweinchen vertragen die Antibiotikagabe aber problemlos. Für empfindliche Schweinchen empfiehlt es sich, das Antibiotikum selbst oder vom Tierarzt spritzen zu lassen.